Kurikulum yang digunakan oleh SMP Khalifah Depok adalah kurikulum Merdeka Deep Learning yang dipadukan dengan kurikulum Khas Khalifah. Penggabungan Kurikulum Merdeka dan kurikulum dari sekolah Khalifah adalah model pembelajaran di mana suatu sekolah yang berada di bawah jaringan Sekolah Khalifah mengintegrasikan kurikulum nasional Kurikulum Merdeka dengan kurikulum khas yang dimiliki Sekolah Khalifah. Hal ini dimungkinkan karena Kurikulum Merdeka memberikan fleksibilitas bagi sekolah untuk mengembangkan kurikulumnya sendiri agar sesuai dengan kebutuhan dan karakteristik peserta didik. 

Kurikulum Merdeka

• Pembelajaran berpusat pada siswa: Mengutamakan potensi, bakat, minat, dan tahap perkembangan setiap peserta didik.
• Pengembangan karakter: Menekankan pada pembentukan Profil Pelajar Pancasila melalui pembelajaran berbasis proyek (P5).
• Fokus pada materi esensial: Pembelajaran lebih fleksibel dan mendalam, tidak terlalu terikat pada materi yang padat.
• Inovasi: Memberikan keleluasaan bagi guru untuk melakukan inovasi dalam proses pembelajaran. 

Kurikulum Khas Sekolah Khalifah

• Kurikulum berbasis Tauhid dan Entrepreneurship: Sejak didirikan oleh Ippho Santosa, sekolah Khalifah memiliki kekhasan dalam menanamkan nilai-nilai keislaman dan kewirausahaan.
• Pengembangan kepribadian religius: Berusaha membentuk kepribadian anak yang religius sejak usia dini.
• Kurikulum kontekstual: Dikembangkan dengan mempertimbangkan karakter daerah, kondisi sekolah, dan kebutuhan anak.
• Pembelajaran holistik-integratif: Mencakup berbagai dimensi kompetensi dan program pengembangan. 

• Memenuhi standar nasional: Sekolah tetap mengikuti kerangka dasar dan struktur yang ditetapkan dalam Kurikulum Merdeka.
• Mempertahankan identitas: Nilai-nilai khas Sekolah Khalifah, seperti Tauhid dan entrepreneurship, tetap menjadi bagian integral dari kurikulum sekolah.
• Memberikan pengalaman belajar yang unik: Peserta didik tidak hanya mengikuti standar nasional, tetapi juga mendapatkan pendidikan karakter khas Khalifah melalui berbagai program dan kegiatan.
• Menyesuaikan pembelajaran: Guru dapat menggunakan fleksibilitas Kurikulum Merdeka untuk mengembangkan pembelajaran yang relevan dengan karakteristik peserta didik di sekolah Khalifah.